ต้องรู้
- ไฟล์ PDB บางไฟล์เป็นไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรม
- เปิดด้วยโปรแกรมแก้ไขข้อความหรือโปรแกรมอย่าง Geneious
- แปลงเป็นรูปแบบอื่นด้วยโปรแกรมเดียวกับที่เปิดไฟล์ฐานข้อมูลเฉพาะของคุณ
บทความนี้จะอธิบายว่าไฟล์ PDB คืออะไร วิธีเปิดไฟล์ และวิธีแปลงไฟล์เป็นรูปแบบอื่น
ไฟล์ PDB คืออะไร
ไฟล์ที่มีนามสกุลไฟล์ PDB น่าจะเป็นไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมที่ใช้เก็บข้อมูลการดีบักเกี่ยวกับโปรแกรมหรือโมดูล เช่น ไฟล์ DLL หรือ EXE บางครั้งเรียกว่าไฟล์สัญลักษณ์
ไฟล์จะแมปส่วนประกอบและคำสั่งต่างๆ ในซอร์สโค้ดกับผลิตภัณฑ์ที่คอมไพล์แล้วขั้นสุดท้าย ซึ่งตัวดีบั๊กสามารถใช้เพื่อค้นหาไฟล์ต้นฉบับและตำแหน่งในไฟล์เรียกทำงานที่ควรหยุดกระบวนการดีบัก
ไฟล์ PDB บางไฟล์อาจอยู่ในรูปแบบไฟล์ Protein Data Bank ไฟล์เหล่านี้เป็นไฟล์ข้อความธรรมดาที่เก็บพิกัดเกี่ยวกับโครงสร้างโปรตีน
ไฟล์ PDB อื่นๆ อาจถูกสร้างขึ้นในรูปแบบไฟล์ Palm Database หรือ PalmDOC และใช้กับระบบปฏิบัติการมือถือ PalmOS; ไฟล์บางไฟล์ในรูปแบบนี้ใช้นามสกุลไฟล์. PRC แทน อีกรูปแบบหนึ่งที่ใช้ส่วนขยายเดียวกันนี้คือ Tanida Demo Builder
วิธีการเปิดไฟล์ PDB
โปรแกรมต่างๆ ใช้ไฟล์ PDB ของตนเองเพื่อจัดเก็บข้อมูลในรูปแบบฐานข้อมูลที่มีโครงสร้างบางประเภท ดังนั้นแต่ละแอปพลิเคชันจึงถูกใช้เพื่อเปิดประเภทของตัวเอง
Geneious, Quicken, Visual Studio และ Pegasus เป็นเพียงตัวอย่างบางส่วนของโปรแกรมที่อาจใช้ไฟล์เป็นไฟล์ฐานข้อมูล Radare และ PDBparse ก็อาจใช้ได้เช่นกัน
ไฟล์ PDB บางไฟล์ถูกจัดเก็บเป็นข้อความธรรมดา เช่น ไฟล์ฐานข้อมูลดีบักของโปรแกรม Geneious และสามารถอ่านได้โดยมนุษย์หากเปิดในโปรแกรมแก้ไขข้อความ คุณสามารถเปิดไฟล์ PDB ประเภทนี้กับโปรแกรมใดก็ได้ที่สามารถอ่านเอกสารข้อความได้ เช่น โปรแกรม Notepad ในตัวใน Windows โปรแกรมดูและบรรณาธิการที่เข้ากันได้อื่นๆ ได้แก่ Notepad++ และวงเล็บ
ไฟล์ PDB อื่นๆ ไม่ใช่เอกสารข้อความ และมีประโยชน์เฉพาะเมื่อเปิดด้วยโปรแกรมที่ต้องการเท่านั้น ตัวอย่างเช่น หากคุณเกี่ยวข้องกับ Quicken อย่างใด ให้ลองใช้ซอฟต์แวร์นั้นเพื่อดูหรือแก้ไข Visual Studio คาดว่าจะเห็นไฟล์ PDB ในโฟลเดอร์เดียวกับไฟล์ DLL หรือ EXE
คุณสามารถดูและแก้ไขไฟล์ Protein Data Bank ใน Windows, Linux และ macOS ด้วย Avogadro โปรแกรมเหล่านี้สามารถเปิดไฟล์ได้เช่นกัน: Jmol, RasMol, QuickPDB และ USCF Chimera เนื่องจากเป็นข้อความธรรมดา คุณจึงสามารถเปิดข้อความในโปรแกรมแก้ไขข้อความได้เช่นกัน
Palm Desktop จะสามารถเปิดไฟล์นี้ได้หากอยู่ในรูปแบบไฟล์ Palm Database แต่คุณอาจต้องเปลี่ยนชื่อไฟล์ก่อนเพื่อให้มีนามสกุลไฟล์ PRC เพื่อให้โปรแกรมนั้นรู้จัก Calibre เป็นอีกทางเลือกหนึ่ง
ในการเปิดไฟล์ PalmDOC PDB ให้ลองใช้ STDU Viewer
Tanida Demo Builder เปิดไฟล์ในรูปแบบนั้น
วิธีแปลงไฟล์ PDB
ไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมมักจะไม่สามารถแปลงเป็นรูปแบบไฟล์อื่นได้ อย่างน้อยที่สุดก็ไม่ใช่ด้วยเครื่องมือแปลงไฟล์ปกติ หากมีแอปพลิเคชันใดที่สามารถแปลงไฟล์ประเภทนี้ได้ จะเป็นโปรแกรมเดียวกับที่สามารถเปิดได้
ตัวอย่างเช่น หากคุณต้องการแปลงไฟล์ฐานข้อมูลจาก Quicken ให้ลองใช้โปรแกรมนั้นทำ อย่างไรก็ตาม การแปลงประเภทนี้อาจไม่ได้ใช้งานเพียงเล็กน้อย แต่ยังไม่ได้รับการสนับสนุนในแอปพลิเคชันฐานข้อมูลเหล่านี้ (เช่น คุณอาจไม่จำเป็นต้องแปลงไฟล์ PDB ประเภทนี้เป็นรูปแบบอื่น)
ไฟล์โปรตีนคลังข้อมูลสามารถแปลงเป็นรูปแบบอื่นได้ด้วย MeshLab ในการทำเช่นนี้ คุณอาจต้องแปลงเป็น WRL ก่อนด้วย PyMOL จาก File > Save Image As > VRML จากนั้นนำเข้าไฟล์ WRL ไปยัง MeshLab และใช้เมนู File > ส่งออก Mesh As เมนูเพื่อแปลงไฟล์ PDB เป็นในที่สุด STL หรือรูปแบบไฟล์อื่น
หากคุณไม่ต้องการให้โมเดลเป็นสี คุณสามารถส่งออกไฟล์โดยตรงไปยัง STL ด้วย USCF Chimera (ลิงก์ดาวน์โหลดอยู่ด้านบน) มิฉะนั้น คุณสามารถใช้วิธีการเดียวกับด้านบน (กับ MeshLab) เพื่อแปลง PDB เป็น WRL ด้วย USCF Chimera แล้วส่งออก WRL เป็น STL ด้วย MeshLab
ในการแปลง PDB เป็น PDF หรือ EPUB หากคุณมีไฟล์ PalmDOC สามารถทำได้หลายวิธี แต่วิธีที่ง่ายที่สุดคือการใช้ตัวแปลงออนไลน์เช่น Zamzar คุณสามารถอัปโหลดไฟล์ของคุณไปยังเว็บไซต์นั้นเพื่อให้มีตัวเลือกในการแปลงเป็นรูปแบบเหล่านั้นได้เช่นเดียวกับ AZW3, FB2, MOBI, PML, PRC, TXT และรูปแบบไฟล์ eBook อื่นๆ
การแปลงหนึ่งเป็นรูปแบบ FASTA สามารถทำได้ด้วยตัวแปลง PDB เป็น FASTA ออนไลน์ของ Meiler Lab
นอกจากนี้ยังสามารถบันทึกไฟล์นี้ไปยัง CIF (รูปแบบข้อมูลผลึกศาสตร์) ออนไลน์โดยใช้ PDBx/mmCIF
ยังเปิดไม่ได้หรือ
ไฟล์ที่ไม่ได้เปิดด้วยเครื่องมือใดๆ จากด้านบน อาจไม่ใช่ไฟล์ PDB จริงๆ สิ่งที่อาจเกิดขึ้นคือคุณอ่านนามสกุลไฟล์ผิด บางรูปแบบใช้คำต่อท้ายที่ใกล้เคียงกับ PDB มาก เมื่อมันไม่เกี่ยวข้องกันจริงๆ และใช้งานไม่ได้เหมือนกัน
ตัวอย่างเช่น ไฟล์ PDF เป็นไฟล์เอกสาร แต่โปรแกรมส่วนใหญ่จากด้านบนจะไม่แสดงข้อความและ/หรือรูปภาพอย่างถูกต้อง หากคุณพยายามเปิดไฟล์ด้วยโปรแกรมซอฟต์แวร์เหล่านี้ เช่นเดียวกับไฟล์อื่นๆ ที่มีนามสกุลไฟล์ที่สะกดคล้ายกัน เช่น ไฟล์ DBF, DB, ADP, PD, PDE, PDC, PDO และ WPD
PBD เป็นอีกหนึ่งโปรแกรมที่อยู่ในโปรแกรม EaseUS Todo Backup ดังนั้นจึงมีประโยชน์เฉพาะเมื่อเปิดด้วยซอฟต์แวร์นั้นเท่านั้น
หากคุณไม่มีไฟล์ PDB ให้ค้นหานามสกุลไฟล์ที่ไฟล์ของคุณมี เพื่อที่คุณจะได้พบโปรแกรมที่เหมาะสมที่จะเปิดหรือแปลงไฟล์นั้น
การอ่านขั้นสูงในไฟล์ PDB
คุณสามารถอ่านเพิ่มเติมเกี่ยวกับไฟล์ฐานข้อมูลโปรแกรมจาก GitHub และ Wintellect
ยังมีข้อมูลให้เรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับไฟล์ Protein Data Bank อีกด้วย ดู ธนาคารข้อมูลโปรตีนทั่วโลกและ RCSB PDB
คำถามที่พบบ่อย
- ฉันจะแก้ไขได้อย่างไรเมื่อ Visual Studio ไม่พบหรือเปิดไฟล์ PDB ไม่พบ หากคุณเห็นข้อความที่ระบุว่า Visual Studio ไม่พบหรือเปิดไฟล์ PDB ไม่พบ ให้ลอง โดยใช้เครื่องมือแก้ไขข้อบกพร่องของ Visual Studioไปที่ เครื่องมือ > ตัวเลือก > การดีบัก > สัญลักษณ์ และ เลือก เซิร์ฟเวอร์สัญลักษณ์ของ Microsoft
- ฉันจะเปิดไฟล์ PDB บน Android ได้อย่างไร ในการเปิดไฟล์ PDB บน Android ให้ใช้โปรแกรมอ่านไฟล์ของบริษัทอื่น ดาวน์โหลดแอป Cool Reader หรือโปรแกรมอ่านที่รองรับไฟล์ PDB อื่นๆ บน Google Play
